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Sublime Text

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VASP+NEB

第一步:     初末态结构优化建立两个文件夹 ini, fin,在每个文件夹中放vasp计算必备的四个文件(INCAR,POSCAR,KPOINTS,POTCAR),其中的两个POSCAR对应未优化的初末态。确保两个文件夹里面除POSCAR外,其他文件完全一样。对于两个POSCAR,注意每一行的原子一一对应。若有固定位置的原子(比方做表面计算,要固定底部1-2层原子)。 第二步:   用dist.pl检查两个优化后结构(两个CONTCAR)的相似程度(每个对应原子的初末态距离的平方和,再开根号)。 dist.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR 第三步:      插点的数目取决于前面dist.pl的返回值,一般插点数目可取(dist.pl返回值/0.8)。 具体插点的命令: nebmake.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR N 最后的N表示插点数目。插入点的算法为线性插值,详情请进前面给的vtst脚本链接。我这里为简单插一个点,执行完命令后出现文件夹00--07。 可用命令nebavoid.pl 1,确保中间插入的点每一个原子间距都大于1A。该命令的参数1表示最小允许间距,可取小数。 System = NEB PREC = Accurate #ISYM =0 ENCUT = 650 EDIFF  = 1e-4 EDIFFG = -0.001 KSPACING= 0.5 ISIF   = 2 NSW    = 500 ISMEAR = 0; SIGMA = 0.05 LCHARG = FALSE LWAVE  = FALSE ISTART = 0 IV DW=10 #NPAR = 3 #NEB IBRION = 3 POTIM = 0 IOPT =   1 ICHAIN = 0 LCLIMB = .TRUE. SPRING =-5 IMAGES =6 第四步:     后处理:nebef.pl, nebbar...

ZPE

静态计算,加入: IBRION = 5  ISIF = 2  NSW = 1  POTIM = 0.02  NFREE = 2  ISYM = 0 最后一列的eV前面的就是频率转换成能量的值,完成计算将OUTCAR中非虚频的能量相加除以2就是Zero Point Energy.

Anaconda

# 查看帮助 -----> conda -h # 基于python3.6版本创建一个名字为python36的环境 ----> conda create --name python36 python=3.6 # 激活此环境 ----> activate python36 source activate python36 # 检查python版本,显示是 3.6  ----> python -V # 退出当前环境  ----> deactivate python36 # 删除该环境 conda remove -n python36 --all # 或者 conda env remove -n python36 # 查看所以安装的环境 conda info -e # 安装 matplotlib   ----> conda install matplotlib # 查看已安装的包   ----> conda list # 包更新  ---->  conda update matplotlib # 删除包   ----> conda remove matplotlib # 更新conda本身    ---->conda update conda # 更新anaconda 应用    ---->conda update anaconda # 更新python   ----> conda update python