Python+numpy 四月 28, 2017 import numpy as np array = np.array([[1,2,3],[4,5,6]]) print(array) print("Number pf dim:",array.ndim) print("Shape:",array.shape) print("Size:",array.size) 共享 获取链接 Facebook X Pinterest 电子邮件 其他应用 标签 AG 共享 获取链接 Facebook X Pinterest 电子邮件 其他应用 评论
VASP+NEB 十一月 26, 2016 第一步: 初末态结构优化建立两个文件夹 ini, fin,在每个文件夹中放vasp计算必备的四个文件(INCAR,POSCAR,KPOINTS,POTCAR),其中的两个POSCAR对应未优化的初末态。确保两个文件夹里面除POSCAR外,其他文件完全一样。对于两个POSCAR,注意每一行的原子一一对应。若有固定位置的原子(比方做表面计算,要固定底部1-2层原子)。 第二步: 用dist.pl检查两个优化后结构(两个CONTCAR)的相似程度(每个对应原子的初末态距离的平方和,再开根号)。 dist.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR 第三步: 插点的数目取决于前面dist.pl的返回值,一般插点数目可取(dist.pl返回值/0.8)。 具体插点的命令: nebmake.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR N 最后的N表示插点数目。插入点的算法为线性插值,详情请进前面给的vtst脚本链接。我这里为简单插一个点,执行完命令后出现文件夹00--07。 可用命令nebavoid.pl 1,确保中间插入的点每一个原子间距都大于1A。该命令的参数1表示最小允许间距,可取小数。 System = NEB PREC = Accurate #ISYM =0 ENCUT = 650 EDIFF = 1e-4 EDIFFG = -0.001 KSPACING= 0.5 ISIF = 2 NSW = 500 ISMEAR = 0; SIGMA = 0.05 LCHARG = FALSE LWAVE = FALSE ISTART = 0 IV DW=10 #NPAR = 3 #NEB IBRION = 3 POTIM = 0 IOPT = 1 ICHAIN = 0 LCLIMB = .TRUE. SPRING =-5 IMAGES =6 第四步: 后处理:nebef.pl, nebbar... 阅读全文
theoretical specific capacity 十一月 26, 2016 mAh→Ah→A·s,即电量单位:库伦(C或A·s)。 示例1:Li4.4Si 1)计算Si的理论比容量:Li4.4Si; 1)取1mol Li4.4Si,也即1mol的Si可嵌入4.4mol的Li; 2)计算4.4molLi所带的电量: 4.4mol×(6.02×1023)mol-1×1.602×10-19C=424337.76C(A·s); 单位转换:424337.76×1000÷3600=117871.6mAh 3)理论比容量计算:117871.6mAh÷(1mol×28g/mol,1molSi的质量)=4209.7mAh/g。 示例2: 石墨理论比容量的计算:LiC6; 1)取1mol LiC6,也即6mol的C可嵌入1mol的Li; 2)计算1molLi所带的电量: 1mol×(6.02×1023)mol-1×1.602×10-19C=96440.4C(A·s); 单位转换:96440.4×1000÷3600=26789mAh 3)理论比容量计算:26789mAh÷(6mol×12g/mol,6molC的质量)=372.07mAh/g。 阅读全文
ZPE 十一月 29, 2016 静态计算,加入: IBRION = 5 ISIF = 2 NSW = 1 POTIM = 0.02 NFREE = 2 ISYM = 0 最后一列的eV前面的就是频率转换成能量的值,完成计算将OUTCAR中非虚频的能量相加除以2就是Zero Point Energy. 阅读全文
评论
发表评论